幕府制度的主要特点是：
① 幕府是各级封建统治者最重要的佐理之一。幕府的僚属多为主官自辟，或有奏请，或私聘。幕僚多无固定职掌、不入品秩、不见编制，与一般佐官属吏有别。但是，幕僚多为幕主的亲信，他们是依附于封建统治阶级的一个地位特殊的阶层。
② 幕僚在封建统治中有特殊作用，幕府机制常有削弱或取代正规官制的重要特征。每次政权更替，新君主往往把自己的幕僚班子转化为新王朝行政中枢，然后再培养新的幕僚班子削弱或取代新官制。封建职官制度出现的内外有别、名实不符、职权分离等怪现象，皆与幕府制度有关。
③ 幕府多为地方军政大员所置。幕府制度的发展，从一定意义上说，是地方势力对中央的抗衡。幕府制度的兴废，经常是中央和地方势力消长的晴雨表。
④ 幕府制度是对封建官制的重要补充。封建官制中决策、行政、监察分立又互相牵制的体系，并不能完全解决统治阶级内部的矛盾冲突，维持势力均衡。幕府的特殊机制发挥了特殊功能，达到维护特殊利益之目的。幕府制度是封建专制主义中央集权制度的产物。