英国经济学家安格斯·麦迪森的研究证明，长达五百多年的明清两朝是一个长期停滞的时期：从1300年到1800年的五百年中，中国的人均GDP增长率为——零。而这五百年里，世间物换星移，文艺复兴运动让欧洲走出中世纪，接着是“地理大发现”，然后爆发了工业革命，出现了以“三权分立”为主要特征的现代国家。在外部世界开始以加速度的方式，成十倍成百倍地往前狂奔的时候，我们像“龟兔赛跑”中的那只兔子一样，在一棵枯树下酣睡了五百年。
这一觉睡到1840年，国门被枪炮打开，但在很长时间里还是没有清醒过来，要到1894年的甲午海战打完，才说“一战而全民皆醒矣”。所以，这一段时间，对于中华民族来讲，是一个要深刻反思的时期。
为什么在明清，治国者的思想变得保守了呢？一个很大的原因，是对制度创新的畏惧。王安石变法的失败，使得体制内的创新动力和勇气彻底丧失，之后南宋偏安一百多年，紧接着是蒙古人铁血统治九十八年，以至于明朝建立的时候，汉族统治者有了巨大的心理阴影，已经不敢再进行扩张，对于他们来说，“稳定压倒一切”。黄仁宇就说：“从一开始，明朱元璋主要关心的是建立和永远保持一种政治现状，他不关心经济的发展……就明人关心的问题来说，虽然认为中国向来是世界的中心，但是必须保持其农业特征，不能兼容并包发展商业和对外贸易。”中国的封建王朝对外不再寻求领土扩张，也不需要外来人口，一个亿的内需市场已经足够。同时出于安全的考虑，明朝政府非常想把自己的国土与世界隔离起来，将大陆与世界各国的交往和联系降到最低程度。
因而，这后来的五百年，基本就是从“稳定压倒一切”到“稳定压垮一切”的过程。
我们一再谈到的四大基本制度，在明清两代出现了恶质化的态势。明清的专制化程度，远远高于汉唐宋，是真正的高度专制国家。甚至有的学者认为，“专制”这个词是从明朝开始的，明朝以前的中国并不算是专制国家。
首先，从中央和地方的权力分配制度方面来看。宋赵匡胤“杯酒释兵权”，一举解决地方武装割据的威胁，强化了中央集权的能力；明朱元璋则废除了宰相制，将中央权力内部皇权与相权的平衡性彻底打破。中国自汉以后，大量的行政性事务是在相府处理，并不在皇宫，宋“百年不杀大臣”更是皇室对士大夫的“权力承诺”。朱元璋废宰相制，建立大学士制度，其实是破坏了这种“恐怖平衡”，到了清雍正时期，设立军机处后，情况变得更加糟糕，军机处设在皇宫边上的一排小平房里，皇帝每天处理朝政，把军机大臣们呼来唤去，整个儿变成皇室的奴隶了，所以皇权倾轧相权，始于此。
其次，在全民思想的控制模式方面，南宋以后，程朱理学越来越禁锢人的思想，到了明清两代，先是朱棣搞了一个《永乐大典》，再是乾隆弄出了一个《四库全书》，政府从文本角度来限制思想自由，把它认为的异端邪说全数抹掉，全民思想就统一到了“四书五经”上。
再次，在社会精英的控制模式上，进一步强化和神圣化了科举制。全中国的知识分子除了“君君臣臣”的儒家学说以外，什么都不要去想、不准去想。顺治五年，就是清兵入关第五年，清廷下令在全国的府学、县学都立一块卧碑，上面铭刻三大禁令：其一，生员不得言事；其二，不得立盟结社；其三，不得刊刻文字，违犯三令者，杀无赦。而这三条，恰好是现代人所要争取的言论自由、结社自由和出版自由。中国以往的碑都是树立的，只有这块碑是卧立的，读的时候要俯首弯腰，如果不遵从，那就可能“一卧不起”了。有清一代，皇帝多次大兴文字狱，使得天下文人战战兢兢，俱成“精神上的侏儒”。
最后，在宏观经济制度上，国家继续用强有力的方式来管制宏观经济，对外遏制国际贸易，对内搞男耕女织，在工商业领域搞特权经营销售。
明清治国者有特别发达的“专制智慧”，他们真正发现了“专制的秘密”：政权要稳定，危险无非来自两处，一曰外患，一曰内忧。除外患，断绝一切联系是不二法门，所以要把国家变成一个铁桶。解内忧，控制、削弱民间的组织力量是关键，所以要把人民打成散沙。
铁桶阵和散沙术，是明清治国者的两大法宝。
要打造铁桶阵，办法就是闭关锁国。中国这个国家，北境接草原，西域峻岭沙漠，南连热带丛林，东凭太平洋，在地理上非常容易形成封闭，只要“北修长城，南禁海运”，就可与世隔离。
明朝建立以后干的第一件大事，就是北面修万里长城，东起鸭绿江，西抵嘉峪关，沿边设九个防备区，叫九边，驻扎重兵。从此，自汉唐之后就绵延不绝的“丝绸之路”日渐堵塞，中国与欧洲不再往来。欧洲人在失去陆地商贸的大通道后，被迫面向大海寻找出路，欧洲经济告别地中海时期，开始向西部，继而向北方拓展。在这一意义上，欧洲文明日后的走向，应当“感谢”明王朝的闭关政策。
南面禁海运，则需要一点儿“自闭”的勇气。
明初建时，拥有全世界最大的海港泉州港和最强大的海军，经济和政治势力辐射到整个西太平洋地区。根据日本学者滨下武志的研究，在15世纪前后，西太平洋地区出现了一个以中国为中心、以白银为统一货币、无关税壁垒的政治经济联盟，这是当时世界上覆盖面最大、人口最多和结构最稳定的区域性国际体系。中国与周边的六十多个国家形成了一种“朝贡秩序”，即由宗主国（中国）提供国际性安全保障，朝贡国对中国表示效忠，因而不必保持常设性军事力量。从1405年开始的“郑和七下西洋”，其实是明王朝对这一联盟体内的“东南夷”南部诸国的一次大规模巡检，六十二艘九桅大帆船和近三万名随员的庞大舰队呈现出无与伦比的军事和经济实力，进一步巩固了明帝国在东南亚地区的宗主国地位。
历史的转折时刻出现在1492年，也就是郑和最后一次下西洋的59年之后，明廷下令“闭关锁国”，沿海人民从此不得与来华的番船发生任何交通、贸易行为，第二年，明廷敕谕今后百姓的商货下海，即以“私通外国”治罪。1585年，朝廷甚至发布过一道命令，声称谁要建造双桅杆以上的船只，就视同叛乱，处之以死刑。中国的海军体系自我毁灭，在造船技术上的进步从此戛然而止。
巧合的是，也是在1492年，意大利航海家哥伦布带着西班牙国王给中国皇帝和印度君主的国书，向正西航行，到达了美洲的巴哈马群岛，伟大的“地理大发现”时代开始了。哥伦布的船队只有三艘船，八十八个人，准备不足，方向不明，却开启了一段新历史。在西方史学界，1500年往往被看成是古代与近代的分界线，保罗·肯尼迪在《大国的兴衰》中描述道：“16世纪初期，中西欧诸国能否在世界民族之林脱颖而出，显然未见端倪，东方帝国尽管显得不可一世，组织得法，却深受中央集权制之害。”他用十分吊诡的笔调描写中国的闭关锁国：“郑和的大战船被搁置朽烂，尽管有种种机会向海外召唤，但中国还是决定转过身去背对世界。”
清朝建国于1644年，继续了明的锁国政策。它本身就来自东北，且与蒙古达成“满蒙一家”的战略合作，所以北患比明朝要轻得多。在南面，清廷为了压迫和封锁盘踞台湾岛的郑成功集团，于1661年、1662年和1664年，三次颁布“迁界禁海令”，宣布“片板不许下水，粒米不许越疆”，山东至广东沿海老百姓内迁三十海里，形成了一个隔火地带。施琅打下台湾后，1685年（康熙二十四年），宣布开海贸易，设立了广东、福建、浙江和江苏四大海关。到1757年（乾隆二十二年），由于沿海贸易日渐活跃，特别是东印度公司不断派员北上冲撞，乾隆下诏关闭浙、闽、江三地海关，指定广州为唯一的通商口岸。从此，繁荣了数百年的泉州港、明州港（宁波）等彻底衰落，广东的开放个性以及外向型产业结构由此形成，日后，民国及改革开放时期，两次“南风北渐”，历史的原因便在这里。
海关制度与之前的朝贡制度相比，是外贸政策上的一个大变化。根据历代的市舶制度，各国商人以朝贡的方式与中国展开贸易，贡使将贡物献给中国皇帝，其商人将货物交与市舶司，在特定的馆地临时招商叫卖，并无专设的买卖机构。海关设立之后，外商被允许在中国境内自建商馆，西方各国商人纷纷在广州城门以西的珠江边建造房屋。外商称之为“商馆”，中方则称之为“夷馆”。清政府对夷馆商人进行了严格的行动管制，他们未经批准不能进入广州城，也不得擅自离开夷馆四处活动。在不同时期，政府还颁布过诸多限制性的法令，譬如，外商不得在广东过冬、不得乘轿、不得乘船游河、不得雇用汉人婢仆，禁止中国商人向外商借贷资本，等等。也就是说，在很长的时间里，外国人被关在一个“铁栅栏”里与中国人做生意，他们对中国所发生的一切及社会风貌一无所知。
从朝贡制到海关制，清政府在经济上改变了外贸政策，但政治上的外交政策一直没跟上，政治又拖了经济的后腿。清朝皇帝从来把外邦看成是“低我一等”的蛮夷，顺治便认为“通贡”已是天朝对蛮夷最大的恩赐，“贸易二字不宜开端”。
在四百多年的时间里，这个“铁桶阵”打造得很完美，自己在里面陶醉，外面的人也对桶内的情景无所知晓。从1521年开始，葡萄牙人、荷兰人、俄国人先后派出15个使团，试图与清朝建立双边关系，均遭拒绝。直到1792年，已经非常强大的英国第一次派出了官方的访华使团，也就是历史上非常有名的马戛尔尼使团，从广州港登陆，沿着运河一路北上到热河去见乾隆皇帝，这才第一次亲眼看到了真实的天朝。英国人在日记中写道：“不管是在舟山还是在溯白河而上去京城的三天里，没有看到任何人民丰衣足食、农村富饶繁荣的证明。事实上，触目所及无非是贫困落后的景象。”他们进而断定：“这个政府正如它目前的存在状况，严格地说是一小撮鞑靼人对亿万汉人的专制统治。至少在过去的一百年里没有改善，没有前进，或者更确切地说反而倒退了；当我们每天都在艺术和科学领域前进时，他们实际上正在成为半野蛮人。”
英国人向清廷提出了七项条件，以现在的眼光看，大多属于希望展开平等贸易的要求，比如开放宁波、舟山、天津等为贸易口岸，允许英国商人在北京开办一家贸易公司，允许英商在舟山和广州附近有存货和居住的地方，恳请中方公布税率、不随意乱收杂费，等等。乾隆一条不准，还写了封信给英王乔治三世，内称“其实天朝德威远被，万国亲王，种种贵重之物，梯航毕集，无物不有，尔之正使等所亲见。然从不贵奇巧，并无需尔国制办物件”。意思很明白，天朝什么都有，你派来的人都看到了，你们国家生产的任何东西，我都不稀罕，以后，能不来，尽量就别来了。马戛尔尼给乾隆带来了很多东西，有望远镜、火炮、时钟等，和珅把它们都运到了北京，一直到1900年八国联军攻进紫禁城，跑进去一看，很多东西还没开过封。
每个治国者登基第一天，都会想一个问题：“我怎么样才能走出改朝换代的周期律？”各代的办法都不一样。朱元璋虽然是乞丐出身，学历很低，但也是一个很有思想的人，他的办法就是，把这个国家打成一盘散沙。当这个国家的人民变成一粒粒沙子的时候，也就没有了凝聚的力量，人凝聚不起来，就不可能造反了，这就是对内维持统治的“散沙术”。朱元璋还在老子的《道德经》里找到了思想依据，老子说，天下最理想的境界是“鸡犬相闻，老死不相往来”。每个人都活在自己的一个小村庄里，守望相助，男人早上起来去种地，日落就回家，女人在家里烧饭纺纱管小孩，男女一生不出乡村，这样，天下自然太平，王朝自然千秋万代。史书说，朱元璋一生中最喜欢读的书便是《道德经》。
要把天下打成散沙，在经济上，最好的模式就是男耕女织。
在中国经济史上，有两种植物彻底改变了国家的命运，一是宋代的水稻，二是明代的棉花。
水稻原产于亚洲热带地区，五代及宋代初期，香巴王国（今越南北部）的占城稻被广泛引入长江流域，它一年可有两熟，甚至三熟，而且产量比一年一熟的小麦要高一倍，从而引发了一场“水稻革命”。粮食产量的剧增，使得“中国硕大的沙漏倒转了”。宋代人口急速增长，成为人类历史上第一个亿级人口的庞大帝国。从此之后，统治者失去了对外进行土地和人口掠夺的“刚性需求”。
而朱元璋则发动了一场“棉花革命”。与水稻一样，棉也是一种外来植物，原产于印度，在汉字中第一次出现是南朝的《宋书》。宋末元初，它已经在南方地区得到一定面积的普及。元代，松江府（今上海）的妇女黄道婆改进纺织技术，使生产效率大幅提高。朱元璋建国之后大力推广棉花种植，他下令，农民有田五至十亩的，俱令种桑、麻、棉各半亩，10亩以上倍之，到1393年（洪武二十六年），全国田地比元末增长了4倍多，其中棉田的增加最为显著。棉花种植和棉纺织技术的革新，彻底改变了中国人以丝绸和麻布为主的穿着传统，服装产量为之大增，棉纺织迅速成为全国第一大手工制造业。据吴承明的研究，明清两代，中国每年生产约6亿匹棉布，约人均每年织布两匹，商品值近1亿两白银，其中52.8%是以商品形式在市场出售的，总产量是英国在工业革命早期时的6倍。
这两场革命，“水稻革命”和“棉花革命”，对中国的经济结构、社会结构、政治治理理念乃至国民性都造成了重大的、不可逆的影响。
这里还有一个世界级的问题需要解答：众所周知，发生于英国的工业革命其实也是以纺织业为启动点的，而它最终引爆了机械技术的革命性创新，同时带来社会组织的颠覆性变化，最终诞生了资本主义，改变了人类文明的方向。那么，为什么同一个产业的创新，在中国不但没有引发与英国相同的革命性效应，反而为自闭创造了条件？
学者们研究得出的结论是：在14世纪的中国江南乡村，每个农家都有织机一部，耕作之余，无论妇孺老小都从事纺织，全家动手，机声不休，通宵达旦。每户所织之布虽然数量甚微，但聚合之后，成亿万之数。赵冈和陈钟毅在他们的研究中指出过一个让人吃惊的事实：从14世纪一直到19世纪80年代以前，在中国没有出现过一家手工业棉纺织场!他们在《中国经济制度史论》中写道：“中国传统手工业各大部门都曾有过工场雇用人工操作生产的记载，惟独棉纺织业没有任何手工工场的确切报道。”这种“一户一织”的家庭纺织与规模化的工场化生产相比，最大的特点，或者说优势是，前者的从业者几乎没有劳动成本支出，而且时间也是几乎没有成本的，任何人都可利用闲暇时间单独操作。在这种生产模式的竞争之下，规模化的手工业工场当然就没有任何生存的空间了。
在现代经济研究中，早期的乡村手工业常常被称为“工业化原型”，它为工业革命的诞生提供了市场和技术前提；然而在中国，乡村手工业则变成了机械工业化的障碍，它发挥无比的抗拒力，来阻止工厂的兴起与工业化进程，这是一个历史性的悲剧。
中国的城市从来不属于民间。张光直的研究证明，从“中国最古的城市”到“近代中国的城邑”，都是政治的中心，是维护权力的必要工具，这一特征其实从未被改变过。不过，城市在经济中的功能却在明代以后改变了。在先秦之后的一千五百多年里，中国的经济运行中心被置于若干个大都市之中，人口和工商活动也颇为集中，唐代还有法令限制县级以下的商业市集之发展。可是，在明代之后，与数以百万计的农村家庭纺机相配套的，是中国从城市化向城镇化的大退化。
随着家庭纺织业的繁荣，这些农户的周边自然地出现了大型交易集市。这些新型市镇与传统市镇的最大不同之处是，它们兴起的功能不是为农民消费服务，而是为农业生产服务，参与贸易的不是“以物易物”的小农户，而是大商贩和巨额资金，他们的利益所得，来自于规模化经营和远途贩运。有人统计江南地区苏州、松江、常州、杭州、嘉兴和湖州六府境内的市镇数目变化发现，在宋代，这里有市镇71座，而到了明代，则增加到了316座。中国的县级机构，自唐之后数量变化一直不大，大抵在2000到2300个，可是市镇数量却几何级增多，到清中期，全国已约有三万个市镇，它们替代之前的两千个中心县城，成为中国经济的驱动器。
我们不妨将这一转变归纳为中国城市化的“离心现象”——在其他国家，城市人口比重愈来愈高，也愈来愈集中，小城市变大，大城市变得更大；但是在中国，宋代以后城市人口的集中程度逐渐减弱，大中型城郡停止扩充，明清两代的几个大都市，从人口到城区规模都比两宋和元代时缩小许多，人口反而向农村靠拢，江南地区形成众多市镇。
自明初到清末的500余年间，中国的城市化进程陷入停滞，城市总人口之绝对数几乎没有增长，但是全国总人口则在不断增加——从明代初期的7000万人，至16世纪时达到1亿至1.3亿，至清代乾隆年间已将近3亿，城市人口比重日趋降低，到19世纪中叶降至谷底。若与西方相比，戏剧性的反差更为明显：中国城市化率的最高点出现在13世纪的南宋，之后掉头向下，而西方正是在13世纪开始了城市化率的提升。在1800年，世界上70%的大城市位于亚洲，北京在很长时间里为规模第一，可是到了1900年，仅有一座世界级大城市位于亚洲，其余则均位于欧洲与美洲，这都是“工业革命”的结果。
这种人口和经济重心向农村转移的现象，最为真实地表明中国社会的平铺化和碎片化态势。它既是人口增长和产业经济发展的客观结果，同时也是中央集权制度的必然引导。
在城市离心化的大趋势之下，进而出现了“油水分离”的社会景象：政治权力集中于城市，为政府及权贵所全面控制，城市从此成为权钱交易中心和奢侈消费中心，而非生产制造中心。经济力量则集中于数以万计的市镇，为民间势力所掌握，大量的手工业分散于数量更多的村庄，这使得资本、人才和资源的集聚效应根本无法发挥。
男耕女织的社会经济结构、扁平散点化的市镇发展，加上以反对人口流动为目标的户籍管理制度，一个符合中央集权要求的、以保持低效率为前提的“超稳定结构”便形成了。在这个意义上，“男耕女织”确乎是一个中国式的“唯美主义的诅咒”。
讲解至此，我们要对中国的“自转惯性”提出一个历史性的预警。
在人类社会的大家庭中，一个国家如同宇宙中的一颗星球，有与世界文明同步的公转，也有与自身条件相符合的自转。在所有的文明体中，因地理、人文乃至经济的原因，中国也许是自转条件最好、自转能力最强的国家之一。
在农耕文明时期，一个国家若要闭关锁国、拒绝公转，必须具备两个重要的条件：一是土地之广袤和粮食之充沛足以养活全体国民，二是人口之众多足以满足工商生产的市场供求。如果这两个前提成立，那么，技术的进步很可能会强化——而不是减弱——这个国家的内向与封闭。碰巧，到了14世纪的明朝，所有客观条件全数具备，帝国迅速转身，成为一个“自转的小宇宙”。
在学术界，只有很少的学者观察到这一规律，从来没有到过东方的布罗代尔在《文明史纲》中曾简短地提及，“人口的众多导致了中国不需要技术进步，内需能够满足供应，而不必追求海外市场”。对农业文明状态下的民生而言，最主要的内需产品只有两个，一是吃，二是穿。而水稻和棉花的引进与推广，在“耕”和“织”两大领域分别解决了技术性的问题，创造了闭关锁国的必要条件。汤因比在《历史研究》中则对大一统制度与技术进步的关系进行了更具普遍意义的阐述，在他看来，“他们常常对技术进步的可能性漠不关心或者干脆采取敌视态度，因为他们认为，任何技术变革都会威胁经济的稳定，因而也会威胁社会和政治的稳定，而这种稳定是统一国家的奠基人好不容易才确立起来的”。
于是，自宋代之后日渐奉行的“大陆孤立主义”，终于在明代找到了现实而顽固的落脚之处。14世纪至15世纪的那场“棉花革命”是中国农业经济的最后一次革命，是小农经济兴盛的关键性因素，它将古代的中国经济推拱到了一个新的高峰，并终止于此。从此之后，在长达400年的漫长时间里，中国成为一个不再进步、超稳定的小农社会，一个与“世界公转”无关的、“自转”的帝国。据安格斯·麦迪森的计算，中国在1301年（元朝大德四年）的人均国内生产总值为600“国际元”，此后增长全面停滞，一直到1701年（清朝康熙三十九年）的400年中，增长率为零。而欧洲的人均国内生产总值则从576“国际元”增加到了924“国际元”。
如果从静态的角度来看的话，这是一种效率与管理成本同步极低的社会运行状态，若没有外来的“工业革命”的冲击，竟可能是中国历史的终结之处。自宋代的“王安石变法”之后，帝国的治理者已经找不到经济体制变革的新出路，于是，通过推广“男耕女织”的民生方式，将整个社会平铺化、碎片化已成为必然之选择。社会组织一旦被“平铺”，就失去了凝聚的力量，从而对中央集权的反抗便变得微弱无力。
这样的治国策略在明清两代看来是成功的。黄仁宇论述道：“在明代历史的大部分时期中，皇帝都在没有竞争的基础上治理天下。……在整个明代，都没有文官武将揭竿而起反对国家。此外，普通百姓对国家的管理不当极为容忍……由于这些条件，王朝能以最低的军事和经济力量存在下来。它不必认真对待行政效率……王朝的生命力不是基于其优势，而是因为没有别的对手替代它。”
黄仁宇所谓的“替代的对手”，仅仅是站在竞争的角度观察，而如果从制度的角度来看，又存在两种可能性。其一，新的“替代者”延续明帝国的模式，让社会在静止的、超稳定状态下缓慢地“自转”。其二，则是出现一种根本性的、新的制度将之彻底地推翻并更换。这两种状况后来都发生了。第一次的替代出现在1644年，而第二次则出现在遥远的1911年。
必须指出的是，高度专制的中央集权制度对闭关锁国以及社会组织的散沙化有着天然的渴望，这种政治制度若得不到根本性的改变，任何新的技术进步都可能异化为提高“自转”能力的手段。
当今之中国，实行闭关锁国及社会散沙化的客观条件仍然存在，在产业经济层面，中国尚处在工业革命和信息革命的交融之际，内需市场——包括城市化运动和民众消费——越来越成为拉动国民经济的主要力量，特别是2008年的全球金融危机之后，中国产业经济对外贸的依赖度急剧下降。在未来的20年内，随着新能源技术的发明普及，中国对国际性自然资源的依赖度很可能进一步下降，这意味着，中国重新回到自转状态的危险度也在提高。在这个意义上，中国的改革正与全球科技革命进行着一场不确定性的、危险的赛跑。
明清两代的工商业已完全陷入官商经济的篱籓。发轴于宋的“买扑制”、“钞引制”到明日渐完善为特许授权经营制度，明清三大商帮——晋商、徽商和广东十三行商人全数因此而得利，商人完全沦为一个寄生性阶层。
特许授权又与盐政有关。自管仲以降，中国历代政府都视盐业为经济命脉，其专营所得在年度财政收入中占很大比重，明代也不例外。朱元璋重修万里长城，长年驻扎80万雄兵和30万匹战马。其中驻军最密集的是“内迫京畿，外控夷狄”的山西大同一带。为了解决“兵政之患”，朱元璋想出了“以盐养兵”的政策，将“钞引制”稍改为“开中制”，具体办法是：商人运粮和其他军需物资到北方边疆，以粮换“引”，然后凭盐引到指定盐场支取食盐，再到指定的地区销售。这一制度的实行，让得地理之利的山西商人迅速崛起，他们收粮贩盐，横行天下，成为势力最大的区域性商人群体，是为晋商之始。到了明代中期，最出名的晋商家族是蒲州（今山西永济市）的王家和张家，他们分别控制了北方最大的两大盐场：河东盐场和长芦盐场。王家子弟王崇古是宣大总督，为帝国北方国防的最高指挥官，张家子弟张四维当过礼部尚书、内阁首辅，两家同处蒲州，互相联姻，结成了一个极其显赫的家族联盟，垄断北方盐业，官商气质浓烈。
到明中叶的1492年（弘治五年），随着北患渐除，南方籍官员实行盐政变法，提出新的“折色制”，从而一改“开中制”所形成的利益格局。按照新的制度，商人不用再到北部边疆纳粮以换取盐引，而是可以在内地到盐运司纳粮换取盐引，这就是所谓的以“纳银运司”代替“中盐纳粟供边”。当时，南方淮河、江苏地区的盐场产量日渐增加，淮盐每年的盐引总量已占全国发行总盐引数量的二分之一，改行“折色制”后，徽商顺势崛起。晋、徽争雄，势必造成惨烈的博弈，为了划分彼此的利益，并防止新的竞争者进入，政府又“适时”地推出了“纲盐政策”，即把盐商分为10个纲，按纲编造纲册，登记商人姓名，并发给各个盐商作为“窝本”，“窝本”允许世袭，册上无名、没有“窝本”者，不得从事盐业贸易。“折色”加上“纲盐”，就构成了官商一体、结合了特许与准入特征的承包经营制度，这是明人一大发明，对后世的影响非常深远。
清乾隆开放通商，推行的“行商制度”则是特许制在外贸领域的延伸。当外商被严格管制并“圈养”起来之后，政府便以发放牌照的方式，允许获得资质的中国商人与之进行交易，史称“十三行商人”。根据当时的保商制度，外船入境后必须有一位十三行商人予以担保，凡入口税均须经行商之手，行商承担的责任还包括：商品价格的制定、为外商代缴关税、负责管束外商行为等。如果外商在华期间有任何违法行为，海关将对行商实施追究。这种独特的保商制度让十三行商人成为政府与外国商人之间的一个媒介，其职责加大，与政府和外商的关系进一步紧密，而权力和获利能力也随之迅速膨胀。
晋商、徽商和十三行商人，因特许授权而获得垄断性利润。明人认为徽商最富，晋商和陕商次之——“以新安最，关西、山右次之”。清人章嗣衡、徐珂曾统计，晋商的资产总数约在5000万～6000万两白银之间，接近于清政府一年的财政收入之和。当代山西籍学者梁小民则认为，晋商的资产总量应在1亿两白银左右。清末，十三行商人独享外贸之利，财富暴涨号称“天子南库”，大有超越晋商、徽商之势。道光年间的伍秉鉴拥有资产约2600万银元，在西方人的眼中，就是当时世界上的首富，20世纪90年代的《亚洲华尔街日报》曾评选出1000年以来世界上最富有的50个人，伍秉鉴是6个入选的中国人里唯一的商人。
三大商帮尽管都富可敌国，可都是被豢养大的寄生虫，他们的财富增加与市场的充分竞争无关，与产业开拓无关，与技术革新无关，因而与进步无关。费正清在《美国与中国》一书中充满困惑地写道：“一个西方人对于全部中国历史所要问的最迫切的问题之一是，中国商人阶级为什么不能摆脱对官场的依赖，而建立一支工业的或经营企业的独立力量？”他得出的研究结论是：“中国的传统不是制造一个更好的捕鼠机，而是从官方取得捕鼠的特权。”明清商人便生动地诠释了这一论断。一个国家的资产阶层是否独立且重要，并不取决于其财富的多少，而取决于其获得财富的方式。
明清商人的钱赚得越来越多，可是他们的安全感却越来越少，他们始终没有培育出一种“商人精神”，而造成这一现象的最根本原因是，从知识精英到他们自己，都不认同商人是一个独立的阶层，他们从来没有形成自己的阶层意识，这是最具悲剧性的一点，如费正清所言，“中国商人最大的成功是，他们的子孙不再是商人”。商人发达之后，便将主要精力倾注于几件大事：一是构筑错综复杂的官商网络，二是培育同族子弟攻考科举，三是重建宗族世家，所谓“以商致富，以宦贵之”。明代学者王士性总结道：“缙绅家非奕叶科第，富贵难于长守。”也就是说，当一个商人完成财富的原始积累之后，或投靠结交权贵，或投资于本族子弟，促使他们通过科举考试，成为体制内的权势者，唯有如此才能“保卫”既得的荣华富贵。
自明入清，治国者由满替汉，老百姓留起了辫子，可是治理逻辑则一以贯之，政治上愈来愈趋专制保守，经济上愈来愈趋官商专营，对外“铁桶阵”，对内散沙化，社会进步全然丧失动力。金观涛和刘青峰发明了两个词汇形容这一时期的中国——“超稳定结构”与“高水平停滞”，他们分别绘制了中国与西方的“科学技术水平累加增长曲线”，从这两张图中可以清晰地看出，到了15世纪之后，中国的增长曲线呈现长波段的水平停滞状态，而西方则进入爆发性增长阶段。他们因此得出了一个十分重要的结论：无论对于中国还是西方来说，科学技术结构和社会结构之间都存在着适应性。也就是说，制度大于技术，中国的经济和科技落后首先体现在政治体制和社会制度的不思进取。
大清帝国前后延续了268年，其中，从1661年到1799年，凡138年，被称为“康乾盛世”。盛世的标志有三：一是人口的迅猛增长，由建国时约1亿增长到3亿；二是中央财政日渐丰腴，康熙去世时，国库盈余有800万两白银，雍正留下了2400万两，乾隆留下了7000万两；三是百年太平使得民间生活安逸，商人阶层由俭入奢，工商繁荣。在国史上，若以时间计算，“康乾盛世”仅次于“贞观—开元盛世”。
然而在社会进步的意义上，“康乾盛世”其实是大一统中央集权制度下的周期性复苏，中国社会仍然在超稳定的状态下平铺式地演进，在经济制度、政治制度和科学技术上没有发生任何实质性的突破。如果站在人类发展史的角度上，我们更会发现，这所谓的“盛世”实在是一个莫大的讽刺。在西方史上，17世纪是一个智力大爆发的时代，欧洲的思想家们在天文学、物理学、数学、社会学、哲学等多个领域进行了开创性的工作，并集体奠定了现代科学殿堂的基石。有人统计了全球最重要的369个科技成就，竟然有38%出现在欧洲宗教革命之初（1553年）到法国大革命初期（1789年）这段时间，比重之大，令人吃惊。正是在科技力的驱动下，欧美列国相继实现了对中国的超越，从1700年到1820年，美国的人均国内生产总值增长率为72%，欧洲为14%，全世界的平均增长率为6%，而中国的人均国内生产总值一直是零增长。到19世纪30年代前后，中国的经济总量仍然为全球第一，可是经济总量的增加全部来自于人口倍增的效应。
观察这一时期的中西历史，可以得出两个重要的结论：
其一，在工业革命中，一个国家的财富水平和财富总量，与其工业化的时机、速度以及成功之间并不是简单的对应关系，也就是说，既有的经济总量绝不是唯一的决定因素。与之相比，技术革新构成了工业化进程的核心，然而在明清时期的中国，总体上缺少推动生产方式发生根本性变革的激励机制。
其二，工业革命和西方式的资本主义是以一种非常突然的方式“空降”到东亚地区的，它在社会和经济制度上都与原有的“基因”格格不入，作为被接受方，中国乃至东亚各国在心理、制度上所遭到的打击都是巨大而惨烈的，甚至是毁灭性的。
这一超稳定状态在19世纪初被打破，其原因仍然是外患和内忧。
先是因鸦片的非法输入，帝国在1826年第一次出现了贸易逆差——这一事实可以被看成中国经济被西方超越的标志性事件，白银大量外流，决策层试图通过禁烟的方式遏制外贸和货币状况的恶化，激烈、信息不对称的贸易摩擦导致了1840年的鸦片战争。关于这场战争，中西史界有不同的判断，中国学者大多将这场战争看成是彻头彻尾的侵略战争，是导致中国衰落的罪魁祸首。而西方学者则倾向于将战争看成是中国衰落的结果，而不是原因，正是这场战争让中国“摆脱”了闭关锁国的状态。卡尔·马克思在给《纽约每日论坛报》写的一篇文章中便认为：“在英国的武力面前，清王朝的权威倒下，成为碎片；天朝永恒的迷信破碎了；与文明世界隔绝的野蛮和密封被侵犯了，而开放则达成了。”进入当代之后，即便是一些非常同情中国的学者，也从经济史的角度提出了这场战争的“不可避免性”。
对国家治理造成的更大伤害来自内部。从1800年开始，北方地区爆发了白莲教运动，朝廷为镇压这一运动花去一亿两白银，国库为之半空。到1851年，南方爆发了规模更大的太平天国运动和捻军起义，战争前后持续十四年，国家财政为之支出约七亿两白银，相当于十年财政收入的总和。战争时期，由满蒙八旗和绿营组成的中央军屡战屡败，朝廷不得不允许下层汉族官员组织地方武装力量抵抗，曾国藩、左宗棠、李鸿章等人乘机崛起。这些地方军阀为了筹集军饷，在各商业市镇“设局劝捐”征收“厘金”。地方武装的壮大及厘金制度的出现，实为地方自治力量强大之始，自宋之后九百年不复出现的“藩镇现象”死灰复燃。
在内外交困之下，治国者又走到了必须变革的悬崖之畔，此时的中国，虽然中央财政已濒临破产边缘，白银的稳定性遭遇挑战，西风东渐造成人心思变，但是维持大一统的基本制度却未遭到致命的挑战，在体制内进行改革的动力和空间仍然存在。很可惜的是，后来的改革者一次次作出了不可宽恕的“最劣选择”。
在历代经济变革中，晚清洋务运动可谓最为凶险的一役。
当其时，外敌环伺，国力积弱，政府财政和民间财富几乎无以凭借。在改革范式上，这是史上第一次输入式改革，意识形态上的破冰难乎其难。而就经济来说，这又是本民族从千年农耕文明向工业文明转型的“惊险一跃”。李鸿章在变法之初就惊呼：“我朝处数千年未有之奇局，自应建数千年来未有之奇业。若事事必拘守成法，恐日即于危弱而终无以自强。”由此可见变革者当时的困局、心境及无奈。
后世史家常常喟叹，中华民族错过了近代工业文明的萌芽期，因而受到列强的侵辱。然而，若进行一次全球环视，答案也许会不一样。在中国开始洋务运动的19世纪60年代中期，后来成为全球最强经济体的三个国家——美国、德国以及日本——也刚刚完成了国家的统一，并相继开始它们的现代化之旅。
美国在1865年结束了南北战争，林肯总统虽然解放了黑奴，但种族隔离仍然持续，南北对峙情绪未消。在1860年前后，美国人口占全球人口总数的3%，全美超过8000人口的城市只有141个，钢铁产量不足100万吨，欧洲的报纸直接将之比喻为“跟在英国、法国后面的小兄弟”。1865年，后来成为美国首富、此时年仅30岁的安德鲁·卡内基在宾夕法尼亚州与人合伙创办卡内基科尔曼联合钢铁厂；就在同一年，李鸿章也向清朝廷递交了《置办外国铁厂机器折》。也是在这一时期，德国刚刚完成统一，1870年，以“埃姆斯电报”事件为导火索，普法战争爆发，普军大获全胜，在巴黎凡尔赛宫宣布统一的德意志帝国成立。美国与德国分别在1879年和1873年宣布接受金本位制。
日本与中国进入现代化的时间更是惊人地接近，明治维新与洋务运动几乎同时拉开帷幕：1868年1月3日，西乡隆盛率2000人从鹿儿岛北上，发动“王政复古”政变，推翻了德川幕府的统治，迎回明治天皇，日本进入维新时期。
通过比较便可以得出结论：中国的现代化并不是一场“迟到的运动”，迟到不是落后的理由。洋务运动之所以会功败垂成，甚至一直到今天，中国仍然没有成为一个完全的市场经济国家，则有另外的原因。
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